Episodio 1
Clary ha dejado de ser una shadowhunter en formación, pero oculta un gran secreto. Un demonio desconocido está poseyendo a los mundanos. Magnus ya no es Gran Brujo.
Episodio 2
Jace invita a Clary a cenar, pero su velada acaba convertida en una cita doble. Los shadowhunters empiezan a darse cuenta de que están sufriendo un ataque demoniaco.
Episodio 3
Alec invita a su madre a una cena familiar con la ayuda de Magnus. Raphael se enfrenta a una desgarradora tragedia personal. Simon intenta entrar en la corte seelie.
Episodio 4
Los amigos de Jace notan cambios inquietantes en su personalidad. Simon conoce a un compañero de piso ideal. Izzy y Clary persiguen a un vampiro descontrolado.
Episodio 5
Clary le pide ayuda a Cleophas para averiguar qué le ocurre a Jace. Alec descubre un secreto sobre el pasado de Magnus. Jace sospecha del compañero de piso de Simon.
Episodio 6
Magnus le pide ayuda a un viejo amigo durante la investigación de un ataque demoníaco con Clary. Simon intenta arreglar las cosas con una visita que no quiere marcharse.
Episodio 7
Clary debe confesar la verdad sobre su deseo e intentar encontrar a Jace antes de que la Clave lo atrape. Luke y Simon buscan a la última víctima de Lilith.
Episodio 8
Clary, retenida por la Clave, está a la espera del juicio. Magnus, Alec e Isabelle tratan de salvar a Jace. Simon obtiene más información sobre la reina de Edom.
Episodio 9
Clary le entrega a la Clave algo que desea a cambio de perdonarle la vida, pero las consecuencias son terribles. El pasado de Simon se ceba con él y su familia.
Episodio 10
Simon toma una dolorosa decisión para proteger a su familia. Magnus le pide ayuda a su padre. Los shadowhunters se preparan para enfrentarse a Lilith.
Episodio 11
Luke sospecha sobre el destino de Clary. Izzy descubre algo inquietante sobre la Clave.Simon intenta quitarse la marca de la frente.
Episodio 12
Simon está decidido a deshacerse de la Marca de Caín y, con la ayuda de Isabelle, trata de localizar al vampiro más antiguo de Nueva York para obtener más información sobre la marca. Ahora en París, Clary intenta desesperadamente encontrar un escape de su situación actual. Mientras tanto, con su nuevo sentido de la mortalidad, Magnus intenta vivir la vida al máximo.
Episodio 13
Los recuerdos de haber sido poseída por Lilith persiguen a Jace. Clary descubre la verdad acerca de la runa que la une con Jonathan. Luke le da consejos a Maia.
Episodio 14
La cita de Jace y Clary se arruina cuando aparece Jonathan. Magnus intenta recuperar la magia desesperadamente. Luke se convierte en sospechoso de homicidio.
Episodio 15
Los shadowhunters buscan a los asesinos de los vampiros. Clary empieza a comportarse de forma extraña por culpa de la runa. Magnus no es bien recibido en el Instituto.
Episodio 16
Incapaces de quitar la runa, los Shadowhunters deciden probar con otra estrategia. Magnus sufre los efectos adversos de la transfusión mágica.
Episodio 17
Izzy y Simon se embarcan en una peligrosa misión que destapa la corrupción en la Clave. Clary y Jonathan recuerdan momentos oscuros de su infancia.
Episodio 18
La hermana de Simon mantiene viva la tradición en la noche de Halloween. Clary sufre la separación de Jace. Alec tiene que tomar una dificil decisión acerca de Magnus.
Episodio 19
Consumido por la runa, Clary huye con Jonathan a un club del mundo subterráneo donde espera obtener la espada Estrella del Alba. Izzy trata de reforjar a Gloriosa.
Episodio 20
Jonathan hace un pacto con los Seelies y revela su verdadera identidad. Los Shadowhunters, desesperados por detenerlo, se involucran en una batalla Alicante
Episodio 21
Los shadowhunters descubren una runa con la que podrían entrar a Edom y unirse a los subterráneos para encontrar a Magnus y liberarlo.
Episodio 22
Los aliados se enfrentan a Lilith en su versión más poderosa. Mientras tanto en la Tierra, Jonathan planea un ataque devastador contra los institutos.