Fox Mulder está desparecido. Aunque gran parte del FBI se encuentra buscándolo, no hay nadie que lo esté haciendo con más insistencia que Dana Scully. Todo el mundo da por muerto a Mulder; pero Scully tiene una visión en la que Mulder aparece y está vivo.
Lejos ya de su versión escéptica, la forense es la única que parece creer en encontrar al desaparecido doctor y, junto a él, retomar una búsqueda que contará con la ayuda del informante X y que, para Scully, es ya un asunto personal.
Episodio 1
Mulder vuelve a la vida tras ser rescatado por unos indios y gracias a un ritual navajo. Se aclara, en parte, la implicación del padre de Mulder en el experimento de genética extraterrestre, mientras que asesinan a la hermana de Scully por una importantísima cinta con información cifrada.
Episodio 2
Mulder y Scully averiguan un complot, después de la II Guerra Mundial, de unos científicos -algunos nazis- para realizar un inmenso programa de control genético aprovechando una campaña de vacunación contra la viruela.
Episodio 3
El FBI sospecha que un chico puede atraer rayos de una tormenta y matar a otras personas con ellos.
Episodio 4
Mulder y Scully recurren a un medium llamado Clyde para que les ayude a descifrar por qué han aparecido varios videntes asesinados, y con sus cuerpos abiertos en canal.
Episodio 5
Antes de morir, un condenado a muerte dice que van a morir cinco personas después de su día final. Sus previsiones empiezan a cumplirse...
Episodio 6
Un criminal asesina a varias mujeres a las que seduce, en principio, con la ayuda del correo electrónico. Mulder y Scully piensan que se enfrentan a un mutante.
Episodio 7
Un ex combatiente de la guerra de Vietnam, sin brazos ni piernas, consigue utilizar poderes sobrenaturales para asesinar a familiares y amigos de los superiores que le mandaron a la guerra.
Episodio 8
Los agentes especiales podrán seguir la pista de un secuestrador gracias a los poderes de una niña que antes estuvo en su poder.
Episodio 9
Mulder recibe unas imágenes en las que un equipo de médicos japoneses operan a un extraterrestre. Mientras él investiga si es cierto, Scully recupera algunos recuerdos del tiempo en el que fue abducida.
Episodio 10
Scully recuerda que el vagón de tren pudo ser el lugar en el que la retuvieron durante su abducción... pero sospecha que, en realidad, todo forma parte de experimentos gubernamentales. Sin embargo, Mulder aparecerá con nuevas revelaciones...
Episodio 11
Un joven de Ohio aparece con estigmas en sus manos, lo que le convertirá en potencial víctima de un asesino que busca a estigmatizados (falsos, eso sí).
Episodio 12
De repente, empieza a morir gente en un pueblo norteamericano, con los cuerpos cubiertos de cucarachas. Y en ese lugar, el gobierno hizo experimentos para erradicar el insecto que puede haber causado tanto mal.
Episodio 13
Dos adolescentes son los sospechosos de varias muertes en un pueblo llamado Comity, coincidiendo con una extraña alineación de planetas.
Episodio 14
El FBI detiene a un presunto asesino que mutila en sus víctimas. Una vez en la cárcel, siguen los crímenes, y en las mismas circunstancias...
Episodio 15
El barco Piper Maru encuentra, durante una exploración en el Océano Atlántico, un avión hundido... con alguien vivo dentro. La cinta con datos secretos que perdieron Mulder y Scully parece ser la clave.
Episodio 16
Mientras Mulder sigue buscando al alienígena localizado -y luego perdido- en el Piper Maru, Skinner sufre el ataque de un asesino -aunque sobrevivirá-.
Episodio 17
Un asesino en serie confiesa sin problemas haber sido el responsable de catorce asesinatos que parecían, en principio, suicidios, ya que éste les sugestionaba hasta tal punto que decidían acabar con su vida. Y Mulder y Scully corren el riesgo de ser los próximos...
Episodio 18
Los miembros de una expedición arqueológica mueren después de profanar la tumba de una sacerdotisa precolombina. Todo apunta a una legendaria maldición...
Episodio 19
Mulder y Scully llegan a Chinatown para investigar la muerte de un inmigrante chino. La pareja de agentes va a descubrir todo un mundo de truculentas sorpresas.
Episodio 20
Jose Chung prepara un libro sobre abducciones, entrando en un mundo en el que el gobierno puede decir mucho y, sobre todo, callar. Scully será uno de sus principales contactos
Episodio 21
Skinner aparece en la cama junto a una prostituta que acaba de morir. La teoría de Mulder es que Skinner sufre la maldición de un espíritu de tiempos de la Edad Media.
Episodio 22
Mulder tiene que investigar la muerte de un agente federal que ha aparecido a orillas de un lago, en el que encuentran miembros humanos mutilados. La teoría del lugar apunta a una criatura sobrenatural, pero Mulder se inclina por la autoría de un asesino en serie.
Episodio 23
De repente, varias personas se convierten en homicidas maniacos, con la única conexión de que eran teleadictos. Scully sospecha que precisamente ahí, en la televisión, está la causa de sus males.
Episodio 24
Un misterioso individuo, llamado Jeremiah Smith, cura a los heridos de un tiroteo sólo con las manos. Al final, tendrá la solución para salvar la vida de Mulder, afectada por un ataque al corazón.